隐孢子虫（Cryptosporidium）、十二指肠贾第鞭毛虫（Giardia duodenalis）和毕氏肠微孢子虫（Enterocytozoon bieneusi）是引起人类腹泻的三种常见肠道原虫。这些肠道原虫主要经粪口途径传播，人通过摄入被污染的水而感染。污水流行病学（Wastewater-based epidemiology，WBE）是一种监测污水中肠道病原体污染水平的方法，可用于评估流域内水源性传播疾病的流行情况和趋势。目前，对上海市隐孢子虫、十二指肠贾第鞭毛虫和毕氏肠微孢子虫的人类流行病学调查仅限于儿童、腹泻患者、HIV/AIDS患者等少数人群，每种病原体在当地人群中的感染性尚不确定。本研究基于污水流行病学的方法，从上海市杨浦区污水处理厂收集了进出水共48个城市污水样本，通过巢式PCR扩增结合测序的方法，对三种病原体进行了检测和分型，并在基因型和亚型水平上评估可能的感染源。隐孢子虫、十二指肠贾第鞭毛虫和毕氏肠微孢子虫的检出率分别为4.2%（2/48）、25.0%（12/48）和2.1%（1/48）。进水和出水中均检出了隐孢子虫和十二指肠贾第鞭毛虫，其中隐孢子虫的检出率分别为4.2%（1/24）和4.2%（1/24），十二指肠贾第鞭毛虫的检出率分别为33.3%（8/24）和16.7%（4/24），毕氏肠微孢子虫仅在1个出水样品中检出（4.2%，1/24）。本研究检测到的人隐孢子虫，进一步鉴定为IdA14亚型，在12个样本中检测到十二指肠贾第鞭毛虫集聚体AⅡ（n=8）和集聚体C（n=4），1个样本中检测到毕氏肠微孢子虫基因型A。污水处理厂进出水三种肠道病原体的发现表明当地人群可能发生了人际传播，这与该地区既往针对这些病原体的流行病学研究结果一致。此外，研究结果也进一步提示WBE可以作为一种有效的流行病监测工具，能够更好地了解人群中病原体的流行情况和遗传特征。因此，有必要加强污水的处理并对污水中的病原体定期开展监测，降低环境污染和居民感染的风险。

  本文已于2024年9月24日在线发表于国际学术期刊Microbiology Spectrum上。

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